Фонд «Естественно-научная коллекция» насчитывает 191 ед.хранения. Состоит из трех самостоятельных разделов:
- Зоология. В коллекции представлены звери, птицы и насекомые, которые обитают на юго-востоке республики Башкортостан. Данная коллекция является одной из богатых и интересных коллекций музея.
- Ботаника. В коллекции представлены растения (гербарные образцы), которые произрастают на территории Башкортостана.
- Геология. Небольшая коллекция состоит из образцов горных пород, которые добываются в Сибайском карьере. Это медный, серный, цинковый колчеданы, также поделочные камни Урала.
